Hilmi Şenalp tarafından tasarlanan camii, mimarlık geleneğinin bugünün diliyle bir yorumu olarak tasarlandı. Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Camii, üniversitenin Üsküdar Bağlarbaşı’ndaki yerleşkesinde bulunuyor.
Camii önündeki meydanı ve altındaki kültür merkeziyle beraber yaklaşık 30.000 m2‘lik inşaat alanına sahip. Camii 4500 kişilik cemaat kapasitesine sahip. Kültür merkezi ise bünyesinde; dershaneler, konferans salonu, sergi alanları, kitap kafe ve sinevizyon odaları bulunuyor. Cadde kotu altında kalan 4 katlı yapı betonarme olarak uygulandı. Bu yapı da kültür merkezi olarak tasarlandı. Camii fuaye alanının üzerine oturtuldu. 
Camii onikigen planlı, betonarme alt yapı üzerine çelik konstrüksiyon olarak inşa edildi. Mihrab, minber ve kürsü bütünlük içinde doğal taştan tasarlandı. Camii içerisinde yer alan hat yazıları mimari ile bütünleşerek geleneksel kullanıma uygun olarak tasarlandı.
Kubbe, geleneksel mimarinin bir parçası olan kırlangıç tavan tekniğiyle oluşturuldu. Birlikte çokluk, çoklukta birlik kavramının simgesi olan bu teknik, ahşap kirişlerin üst üste bindirilmesiyle oluşturulan bir tavan sistemi. Kubbenin kilit taşı olması gereken yerde mukarnastan esinlenerek tasarlanmış, camdan ve paslanmaz çelikten oluşan bir sistem bulunuyor. Ana kubbe alemi, paslanmaz çelik karkas ve cam kaplama olarak tasarlandı. Projede Selçuklu ve Osmanlı mimarisinde kullanılan Türk üçgenlerinden esintiler de bulunuyor.
Merkezi mekan kurgusunu ve birlik kavramını vurgulayan camii tasarımı geleneksel mimarinin bir yorumu. Işık ve gölge camiinin dış mekanla ilişkisi arasında şeffaflık oluşturuyor. Dışarıdan içerisi, içeriden dışarısı net bir şekilde okunabilmekte.
